- Clustal
-
Clustal Omega Тип Биоинформатика
Разработчик Des Higgins, Fabian Sievers, David Dineen и Andreas Wilm (Conway Institute, UCD)
Написана на C++
Операционная система Последняя версия 1.1.0 (25.04.2012)
Сайт ClustalW/ClustalX Тип Биоинформатика
Разработчик Написана на C++
Операционная система Последняя версия 2.1 (17.11.2010)
Сайт Clustal (англ. Cluster alignment) — одна из самых широко используемых компьютерных программ для множественного выравнивания нуклеотидных и аминокислотных последовательностей[1].
Программа представлена в трех версиях:
- ClustalW — с интерфейсом командной строки[2].
- ClustalX — с графическим интерфейсом[3].
- Clustal Omega — более современная версия программы, позволяющая выравнивать сотни последовательностей в течении нескольких часов и являющаяся одной из наиболее эффективных программ для множественного выравнивания по данным тестов производительности[4]. В этой разновидности используется только интерфейс командной строки.
Примечания
- ↑ Frédéric Dardel, François Képès. Bioinformatics: Genomics and Post-Genomics. Wiley. 2006. p.54
- ↑ Larkin MA, Blackshields G, Brown NP, Chenna R, McGettigan PA, McWilliam H, Valentin F, Wallace IM, Wilm A, Lopez R, Thompson JD, Gibson TJ, Higgins DG (2007). «ClustalW and ClustalX version 2». Bioinformatics 23 (21): 2947–2948. DOI:10.1093/bioinformatics/btm404. PMID 17846036.
- ↑ Thompson JD, Gibson TJ, Plewniak F, Jeanmougin F, Higgins DG (1997). «The CLUSTAL_X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools». Nucleic Acids Research 25 (24): 4876–4882. DOI:10.1093/nar/25.24.4876. PMID 9396791.
- ↑ Sievers F, Wilm A, Dineen DG, Gibson TJ, Karplus K, Li W, Lopez R, McWilliam H, Remmert M, Söding J, Thompson JD, Higgins DG (2011). «Fast, scalable generation of high-quality protein multiple sequence alignments using Clustal Omega». Mol Syst Biol 7 7 (539). DOI:10.1038/msb.2011.75.
Ссылки
- Clustal Homepage (free Unix/Linux, Mac, and Windows download)
- ClustalW and ClustalX mirror at the EBI (free Unix/Linux, Mac, and Windows download)
- Multiple Sequence Alignment by CLUSTALW
Категории:- Программное обеспечение по алфавиту
- Биоинформатика
Wikimedia Foundation. 2010.